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1907年(清光绪33年),由小学改为中学堂。1924年(民国13年)改中学堂为初级中学,始招初中学生。1930年(民国19年)创建巴中县女子初中。1933年更名巴中县立初级中学,1938年(民国27年)简师附设初中班,1942年(民国31年)简师与初中分校。
1947年前,初中学生无任何档案依据可查,仅凭知情者回忆整理记载。1948年至1953年,巴中中学初中部从档案记载的有初中七班到初中十二班,1954年起,招收初中学生学制三年后按毕业时的公历年编级,1954年招收的初中新生编为初五七级,以后各年级招收的初中年级名称均用毕业时的公历年。2010年起,根据四川省教育厅通知,为建立全国统一的学籍卡,新生入学年为级别,毕业年为届别。
五十年代起至2013年,初中部学生均在巴中中学云屏校区读书,2014年起,在云屏和兴文两个校区设初中部读书。
自1907年由小学改为中学堂起,开始招收初中学生,至2017年的110年间,巴中中学招收初中学生约37000人。
| 1947年前巴洲高等小学堂、巴中县立初中仅凭知情者回忆提供下列名单: | |||||||||
| 董修武 | 刘伯坚 | 晏阳初 | 赖虚实 | 刘振东 | 余焕文 | 王鳌溪 | 余 坤 | 李本善 | |
| 严恭寅 | 颜冬申 | 陈开泗 | 李挽澜 | 李子猷 | 雷启鹏 | 张子完 | 周 楠 | 朱粲国 | |
| 赖鹤鸣 | 杨正武 | 邓江镇 | 张可宗 | 胥连成 | 叶良一 | 李元述 | 苟法良 | 蔡奠基 | |
| 巩晋孚 | 唐在痒 | 孙洪震 | 杨柏昌 | 刘 荘 | 陈懿德 | 何长华 | 刘近康 | 鲜炽贤 | |
| 刘志忠 | 杨可雨 | 刘贤安 | 祝世德 | 刘仲铭 | 刘信珍 | 李明成 | 李敬之 | 董铸仁 | |
| 陈寿先 | 钟定九 | 戚寿春 | 邱本岑 | 刘 瀛 | 晏升东 | 李纯阳 | 罗树滋 | 谢宝荣 | |
| 张必清 | 李启伟 | 罗伯仲 | 邱致中 | 刘 瑞 | 董名秀 | 魏家恩 | 陈 鼎 | 苟颖达 | |
| 周集云 | 朱文哲 | 岳延启 | 王世雄 | 朱文注 | 刘邵文 | 朱化国 | 赵济刚 | ||